Questo museo ospita le collezioni raccolte dall'università dall'epoca della sua fondazione nel 1636: pezzi anatomici e modelli di cera, collezioni di medicina dentaria e oftalmologia, animali impagliati, fossili e scheletri (stanza delle meraviglie), metro e kilogrammo campione. Un laboratorio (Jeugdlab) è stato allestito specificatamente per i giovani. Sul retro del museo si trova un orto botanico (Oude Hortus) risalente al 1724, con alcune serre.