Questo museo (1888), in stile neorinascimentale, è al centro di importanti lavori di restauro, con spazi espositivi ampliati e una scenografia contemporanea. Le sue ricchissime collezioni - animali imbalsamati provenienti dai quattro angoli del globo, fauna sottomarina, un'impressionante collezione di uccelli - provengono dal gabinetto di storia naturale di Jean Hermann (1738-1800). Il museo diventerà la punta di diamante del "quartiere scientifico" che prenderà forma con l'apertura del nuovo planetario, nel 2021, in bd de la Victoire.