Grazie al suo bel giardino, allo stucco della facciata in parte caduto e alle piastrelle rosse e sbiadite, la sedicesima missione californiana ha un'aria tranquilla nonostante la vicinanza della trafficata US-101. Gestita dai padri francescani sin dal 1928, la missione vale la visita per il bell'interno della chiesa, decorato con affreschi eseguiti nel 1820 da artigiani indiani sotto la supervisione di Don Estéban Munras, nato a Barcellona e stabilitosi a Monterey nel 1812. I dipinti in trompe l'oeil originali, raffiguranti archi, arazzi e balaustre, non sono mai stati modificati: colorati con pigmenti ocra, nero, vermiglio e cobalto, sono considerati tra i più belli delle missioni californiane. Dedicata a S. Michele Arcangelo, la missione fu fondata nel 1797 da Padre Fermín Lasuén per collegare la missione di San Antonio e quella di San Luis Obispo. Furono in seguito costruite dighe e canali che portarono l'acqua dal fiume Salinas fino ai campi e ai frutteti. Fino al 1806 la messa fu celebrata in una vasta chiesa con tetto in paglia, distrutta poi da un incendio e ricostruita più solidamente. San Miguel fu l'ultima missione a essere secolarizzata e negli anni seguenti gli edifici ospitarono un saloon, una sala da ballo, dei negozi e delle abitazioni. I preti che si trovavano nella missione durante il XIX sec., però, mantennero la chiesa in buono stato. Nel 1859 la proprietà fu restituita alla Chiesa Cattolica e nel 1928 donata all'ordine francescano, a cui appartiene oggi il monastero.