Tra i più grandi e apprezzati del mondo, lo zoo di San Diego si estende in un'area di gole e pendii collinari all'estremità settentrionale di Balboa Park. Circa 4000 animali e 800 specie vivono in ambienti ombreggiati da piante di oltre 6500 specie vegetali, molte delle quali subtropicali. Durante l'Esposizione Panama-California un piccolo zoo fu creato nella zona est di Balboa Park e il Dottor Harry Wegeforth, un chirurgo locale con la passione degli animali da circo, decise poi di creare la Zoological Society of San Diego, che raccolse gli animali presentati nell'Esposizione, primo nucleo dello zoo. Nel 1922 la municipalità concesse allo zoo la sua sede attuale, e negli anni successivi il giardino zoologico di San Diego fu tra i primi a creare un habitat accogliente per gli animali e ad avviare programmi per la tutela di specie minacciate. Tra gli habitat principali dell'attuale zoo vanno ricordati il Tiger River, con un sentiero che serpeggia in una foresta pluviale tropicale passando vicino a coccodrilli, gatti pescatori, tapiri, pitoni e tigri; la Ituri Forest, una foresta pluviale centro-africana con okapi (piccole giraffe), bufali africani nani, lontre dalla gola macchiata, scimmie e uccelli; la Giant Panda Research Station, che ospita la prima attrazione dello zoo: una famiglia di panda giganti prestati dalla Repubblica Popolare cinese.