Nato in seguito ad una mostra dello Smithsonian Institution durante l'Esposizione Panama-California del 1915, il museo (San Diego Museum of Man) presenta oggi una collezione di oltre 70 000 oggetti, che illustrano l'evoluzione dell'uomo, l'antropologia, la storia antica e le culture indigene. Il museo è allestito nel California Building (1915), edificio con una torre alta 55 m con tre celle campanarie. Sotto alla cupola, al primo piano, si trovano copie in formato naturale di stele e altri massicci monumenti in pietra provenienti dalla città Maya di Quirigua in Guatemala (780-805 d.C.). Al secondo piano la mostra "Early Man" sull'evoluzione dell'uomo comprende un calco di Lucy, uno scheletro fossile di un Australopiteco femmina risalente a 3 milioni di anni fa, uno dei più vecchi scheletri di bipedi mai ritrovati. La mostra "Life and Death on the Nile" (Vita e morte sul Nilo) presenta manufatti dell'antico Egitto, comprendenti mummie e una collezione di ushabti, figurine votive trovate nelle tombe dal 1250 a.C. al 300 d.C. La mostra Life Cycles and Ceremonies presenta esposizioni interattive e manufatti provenienti da culture di tutto il mondo sui riti della pubertà, del matrimonio, dell'unione sessuale e della nascita. Degne di nota anche le esposizioni "Kumeyaay: Native Californians" sui nativi americani e il Discovery Center.