L'interno della Igreja de São Francisco, capolavoro dell'inizio del XVIII sec., è caratterizzato da una profusione di decorazioni in stile barocco, con rivestimenti lignei dorati e scolpiti di tutti i tipi. Degni di nota i dipinti del soffitto, realizzati da José Joaquim da Rocha, nonché la scultura di Manoel Inácio da Costa raffigurante San Pietro di Alcantara. Da notare anche gli azulejos che ornano il chiostro.