La Santa Casa da Misericórdia, istituto cattolico portoghese, aprì la sua prima "filiale" in Brasile nel 1549. L'edificio originale, ospedale costruito con la tecnica del pisé (argilla umida) è stato sostituito nel 1697 con questo imponente complesso articolato intorno a due chiostri e una chiesa. Oggi ospita un museo che racconta la storia di questa prestigiosa istituzione finanziata dalle donazioni dei ricchi abitanti della colonia (raffigurati nei dipinti del museo). La visita guidata permette di visitare anche la sacrestia, riccamente ammobiliata e decorata, una loggia con decorazioni in marmo e vista sulla baia e un Salão Nobre con numerosi azulejos.