Sovvenzionato nel 1866 dal finanziere George Peabody, il museo di storia naturale di Yale (Peabody Museum of Natural History) espone più di 11 milioni di pezzi. Nella Great Hall, al primo piano, si trova la famosa collezione di dinosauri, con il primo esemplare di stegosauro mai ricostituito, un esemplare di brontosauro (35 t, 67 piedi di lunghezza), un archelone che risale a 75 milioni di anni fa (10 piedi) e una tartaruga marina gigante. Sempre nella Great Hall si trova il murale di Rudolph Zallinger, "L'era dei rettili" che evoca l'evoluzione di animali e piante su un periodo di 300 milioni di anni. Al primo piano è esposta una collezione di mammiferi, primati e oggetti artigianali legati alle culture della Mesoamerica, degli Indiani delle grandi pianure d'America e della nuova Guinea. Al terzo piano si trovano rocce, minerali, uccelli (Hall of Connecticut Birds) e diorami sulla flora e la fauna del Nord America. Il secondo piano è dedicato alle mostre temporanee.