In posizione ritirata dietro a un giardino, la chiesa di San Francesco, caratterizzata da una facciata barocca secentesca, molto più sobria di quella della cattedrale, è senza dubbio il primo santuario cristiano costruito in Perù. Vicino all'altare maggiore si trova l'accesso alle catacombe. La chiesa fa parte di un convento aperto al pubblico, che occupa il sito su cui si trovava un tempio o un palazzo che gli spagnoli chiamavano con il nome di Fuente del Inca.