Il museo occupa la parte centrale di un grande e moderno complesso progettato da Juan Navarro Baldeweg che comprende anche il Palazzo dei Congressi e un centro di ricerche archeologiche. Il museo si interessa al giacimento archeologico della Sierra de Atapuerca, alla teoria dell'evoluzione di Darwin e alla storia dell'evoluzione umana. L'uomo attuale viene messo a confronto con il cacciatore-raccoglitore di 9000 anni fa e vengono ricostruiti gli ecosistemi fondamentali dell'evoluzione umana: la foresta, la savana e la tundra-steppa.