Il MUSEO13 si trova nel centro storico di Napoli, a meno di 1 km da San Gregorio Armeno, a 13 minuti a piedi dal Museo Archeologico Nazionale di Napoli e a 1,3 km dalle Catacombe di San Gaudioso. La struttura dista 3,3 km dalle Catacombe di San Gennaro e dalla Museo Cappella Sansevero. La struttura dista 1,6 km da MUSA e 2,8 km dalla Chiesa dei Santi Filippo e Giacomo. L'aeroporto più vicino è quello internazionale di Napoli, a 3 km dal Museo13, che offre un servizio di navetta aeroportuale a pagamento.