Inaugurato nel 1995 in una bella casa del XVII sec. e gestito dall'Università nazionale di Trujillo, il Museo Archeologico presenta nelle sue sette sale un percorso didattico e cronologico attraverso le culture precolombiana del nord del Perù: collezione di ceramiche delle culture cupisnique e salinar, modello del sito di Caballo Muerto, un'importante collezione di ceramiche che vanno dalla cultura mochica fino al periodo inca, idoli in legno di epoca chimú, provenienti da Chan Chan, nonché reperti provenienti dagli scavi delle piramidi di Moche, e soprattutto dalla Huaca de la Luna.