Gli scavi realizzati fra il 1939 e il 1950 à su iniziativa di Pio XII hanno permesso di portare alla luce una necropoli pagana che l'imperatore Costantino fece seppellire per costruire la basilica primitiva. Questo antico cimitero è composti da due ordini di sepolcri (di origine compresa fra il I e il IV sec.) separati, tramite il cosiddetto "muro rosso", da un'edicola del II sec. detta Trofeo di Gaius, sotto la quale potrete vedere la tomba di San Pietro. Uno dei sepolcri racchiude mosaici cristiani anteriori al IV sec.