All'ingresso della Igreja da Ordem Terceira de São Francisco da Penitência si trova un piccolo museo che ospita le statue dei santi portate in processioni il Mercoledì delle Ceneri, tra cui spicca soprattutto una sorprendente raffigurazione di San Luigi (vestito da Luigi XIII). L'esuberante decorazione in legno dorato della chiesa (1700-1737), opera di Manuel e Francisco Xavier de Brito, è una delle testimonianze più interessanti dell'arte barocca brasiliana. L'Apoteosi di San Francesco, sul soffitto della navata, opera di Caetano da Costa Coelho, è il primo esempio di prospettiva dell'arte brasiliana.