Il Museo è stato costruito dove sorgeva un ospedale del XVI sec., di cui ha conservato la facciata rinascimentale e la cappella che ospita la collezione di arte sacra. Si notino i pavimenti musivi romani provenienti dalle ville del II e IV sec. L'arte romanica è rappresentata dai capitelli dell'antica cattedrale di Pamplona (XII sec.). Delle epoche successive, da notare alcuni frammenti di pittura muraria provenienti da tutta la provincia e il cofanetto ispano-arabo in avorio proveniente da Cordova (XI sec.).