Situato all'ingresso del Vieux-Port, il MuCEM è accolto in un edificio contemporaneo progettato da Rudy Riciotti (massa scura sormontata da un merletto di calcestruzzo poggiato sull'ex molo portuale "J4") e nel Fort St-Jean (bastioni, torrette, stradine interne, sale a volta e cammini di ronda restaurati), la cui sagoma color ocra è una testimonianza del lungo passato della città. Un'impressionante passerella collega le due strutture. All'interno, le collezioni costituiscono un'ode al Mediterraneo, alla sua storia, al suo stile di vita, al suo patrimonio artistico e alla sua attualità. Si veda in particolare la Galleria del Mediterraneo, al pianterreno del molo J4.