Il museo ripercorre la storia delle Eolie esponendo i reperti portati alla luce dagli scavi effettuati a partire dal 1949. Dopo una sezione sulla preistoria a Lipari e una ricostruzione molto interessante delle necropoli dell'età del bronzo, vi aspettano una serie di crateri con figure rosse (statue di terra cotta) e di favolose anfore (archeologia marina), prima di scoprire una collezione unica al mondo di maschere teatrali, punto focale di una visita appassionante.