Adiacente al Museo di Belle Arti (sezione cubana), l'ex Palacio Presidencial che accoglie il museo risale al 1913 e la sua decorazione interna è opera di Tiffany's, di New York. Il palazzo divenne la sede dei presidenti della Repubblica nel 1920. Il museo occupa quattro piani e ripercorre la storia di Cuba dal periodo coloniale alla Rivoluzione, fra fotografie, oggetti e documenti legati al passato dell'isola.