Nell'ala orientale del chiostro scomparso dell'antica abbazia di San Benigno, il museo presenta collezioni reginali che spaziano dalla Preistoria al Medioevo. Le splendide sale romaniche ospitano sculture gallo-romane, tra cui la statuetta della dea Sequana. L'antico dormitorio dei monaci è dedicato alla scultura medievale. Si notino un bel fregio che rappresenta le dee-madri di Alesia e alcuni sarcofaghi merovingi dei secoli V e VI disposti nel giardino. Sono esposti anche oggetti che spaziano dal XIV al XIX sec.