Sotto il portico sormontato da una galleria delicatamente traforata, al centro della facciata gotica resta il profilo del vecchio portale romanico. La cripta romanica mostra una parte del transetto con quattro absidiole. In una cavità, resti del sarcofago di San Benigno, primo martire borgognone. Di fronte si trova una larga apertura sul piano inferiore della rotonda, che si rifà all'architettura del sepolcro di Cristo a Gerusalemme.