La vasta e austera chiesa di San Francisco (XVI-XVII sec.) ospita un pregevole coro in legno di cedro, abbellito da delicate sculture. Il fiore all'occhiello del complesso, però, è rappresentato dal suo convento, che ospita una collezione di dipinti in stile barocco meticcio della scuola di Cuzco, di grande bellezza. Tra questi spicca un gigantesco dipinto (9 m per 12) del XVII sec., che rappresenta l'albero genealogico di San Francesco d'Assisi, comprendente almeno 683 personaggi. Da non mancare, inoltre, nel refettorio, la meravigliosa ultima cena di Diego de la Puente (XVII sec.), dove si riconoscono influenze fiamminghe.