Sede generale delle missioni nei primi anni dell'espansione, la Carmel Mission conserva lo spirito del suo visionario fondatore, Padre Junípero Serra, che riposa nel santuario. Fondata nel 1771, quando Serra spostò i novizi da Monterey, la missione prosperò grazie alla sua dedizione e a quella del suo successore, Padre Fermin Lasuén, che ricostruì la cappella originaria nel 1782. L'imponente cappella e i ricostruiti edifici della missione, oggi circondati da un'area residenziale, fungono ancora da sede parrocchiale e scuola. La chiesa è unica tra quelle della missione per il suo interno, caratterizzato da un'elegante serie di archi particolarmente slanciati. Alle pareti si trovano dipinti del XVIII sec. e una statua di Nostra Signora di Betlemme, che Serra portò dal Messico nel 1769. La campana è del 1781. Gli appartamenti del Padre sono stati ricostruiti.