San Domenico è sepolto in un mirabile sarcofago realizzato da Nicola Pisano (1267), dominato da un coronamento con statue, opera posteriore di Niccolò dell'Arca completata da Michelangelo nel 1494. I bassorilievi del Pisano rappresentano la vita e i miracoli di San Domenico. Nella cappella a destra del coro, da non perdere il Matrimonio mistico di Santa Caterina (1501) di Filippino Lippi, e il Christus Dolens di Giunta Pisano.