L'imponente basilica, consacrata nel 1253, segna l'evoluzione dei francescani verso la fastosità e la decorazione, sotto l'influenza di fratello Elia, incaricato della sua costruzione. Si compone di una basilica inferiore, scura e massiccia, decorata con affreschi (di Simone Martini) e della basilica superiore, alta e slanciata, che offre lo spettacolo di una pregevole struttura gotica, decorata da un notevole ciclo di dipinti di Giotto che evocano la vita di San Francesco.